在古代世界，埃及的医学一直享有盛誉。现在我们对埃及医学的认识主要有以下几种来源，一是已经考证过年份的医学纸草，给我们提供了关于埃及医学成就的主要素材；二是陵墓壁画与雕塑，展现了人们患病的情形；三是石碑，介绍了部分医生的情况；四是木乃伊，提供了死者所患疾病及可能接受过的治疗与可能的死因等一系列信息。
这其中，最重要的资料便是医学纸草。流传下来的比较经典的医学纸草有10张比较著名，包括埃伯斯纸草、史密斯纸草、卡珲纸草、柏林纸草、伦敦纸草和赫斯特纸草等。这些纸草最终成形时间大约在公元前年，一般由祭司体或象形文字写成，记载了病例、症状与治疗方案。
依据纸草记载，治疗常见的内外科疾病，古埃及医生总结了一套成熟的方案，比如治疗一般的脓肿和肿瘤，直接采取开刀的方式；治疗溃疡或者烧伤，采取药物外敷法；对于骨折脱臼，采用绷带固定法；治疗内科疾病，给患者服用各种调制药物等。
以埃伯斯纸草为例，作为一部汇编性质的药典大全，该纸草收集了包括民间偏方和巫医处方在内的多种疾病处理方案，囊括了疾病治疗及毒虫预防在内的各种方法，涵盖了解剖学、生理学和病理学等多方面知识。
对于一些难度较大的专门疾病，埃及人也有一定的专门研究，比如史密斯纸草中记载了外科治疗的主要理念，其中有外科手术的记载，包括缝合术以及骨折处理的技术等。不止如此，该纸草还提供了埃及人对内脏及血管活动的理解，并对大脑的功能进行了阐述。
卡珲纸草则记载了妇科疾病的治疗方案，还包括生育方面的信息，比如怀孕测试、避孕手段等方面的内容。其他的文献中有埃及人对眼病、胃病、心血管疾病和囊肿等疾病的诊疗方法的记载。
在古埃及医学的发展过程中，木乃伊制作起了重要作用。在人体木乃伊和动物木乃伊的制作过程中，古埃及人通过反复的解剖、清洗等活动，加深了对人体与动物肢体的了解。比如他们对人体与动物的内脏等器官的形状与位置了如指掌，而且熟知部分器官的功能。
依据埃伯斯纸草的记载，埃及人已经知道心脏的作用，其中提到了，作为医生的根本要诀，便是了解心脏的知识，因为血管将人体各个器官与心脏连接，因而心脏对于人体至关重要。正因如此，在木乃伊制作中，埃及人并没有将心脏像对待其他脏器一样单独存放，而是依旧将其留在体内。
在木乃伊制作过程中，埃及人掌握了人体的结构和防腐技术。从现今流传下来的木乃伊来看，古埃及人在制作木乃伊方面的技术已经非常成熟。依据历史记录，木乃伊的制作也经历了一个长期发展的过程。
早期的木乃伊是自然形成的，谈不上技术。前王朝时期的古埃及墓葬习惯比较简单，即把死者简单地覆盖并埋葬在沙坑里。埃及的高温将尸体中的水分带走，使其成了原始的干尸，这就是最初的木乃伊。
后来，古王国时期，随着马斯塔巴与金字塔等建筑的出现，尸体存放的位置越来越深，开始出现腐烂现象，人们注意到内脏的存在是一个很大的诱因，于是出现了将内脏取出的现象。即便如此，这时期的埃及人因为没有完全掌握防腐技术，因此留下来的木乃伊数量并不是很多。在中王国时期亦是如此。
但是，在中王国时期出现了抽取脑浆的技术，并且在新王国时期发扬光大。在新王国时期，防腐技术臻于完善，埃及大学会了给尸体脱水并进行防腐处理。木乃伊制作呈现出日趋专业化的发展趋势，出现了专业的木乃伊制作者和专门用于制作木乃伊的场所。
木乃伊的制作对象也从法老贵族向富裕的普通人扩散。到了第二十一王朝，木乃伊制作更加逼真，出现了用于填充脸部、颈部和其他部位使其看起来更加自然的技术，制作者将沙子、泥土、亚麻布等作为填充材料，有时候也会使用黄油和木屑进行填充，使得木乃伊看起来更加肿胀。
希罗多德的《历史》记载了木乃伊制作的方法。他在书里提到木乃伊的制作有着漫长的历史，经验丰富的专业木乃伊制作者会按照步骤完成木乃伊的制作。之所以说木乃伊的制作与医学的发展有密切关系，是因为在制作过程中，涉及解剖学的相关知识，木乃伊制作师需要非常熟悉人体结构；同时还涉及各类防腐药剂的使用。
在此过程中，脱水和防腐是比较核心的技术，为保障木乃伊的完整和逼真打下基础。依据希罗多德及其他资料对木乃伊制作的记载，木乃伊的制作根据花费的不同有不同的处理方式。比较严格的处理方式大约需要70天。首先是脑浆的清理。将脑浆通过鼻腔取出，将专门的药物注入脑部对其进行清洗，清洗好的颅腔被树脂或树脂泡过的亚麻布填充，或者选择空置。
有的木乃伊在制作中不是通过鼻孔取出脑浆，而是直接从头骨底部开口或者从眼眶取出，取出后的眼球依旧被放回眼眶。第二十一王朝之后，出现了放于眼眶的假眼球。其次是腹部清理。
制作师一般通过侧腹切口的方式将腹腔和胸腔里的内脏取出，代之以树脂、肉桂或浸泡过树脂的亚麻布等填充并缝好切口。尸体被放入泡碱中继续脱水，然后将处理后的心脏置入其中，取出之前的填充物，重新填入油膏、香料和树脂等，以亚麻布包裹起来并在外面涂上树脂。在这个过程中，也有记载认为心脏和肾是没有取出，直接被留在体内的。
也有木乃伊的内脏是通过直肠取出的。在木乃伊的脱水过程中，最重要的药剂就是泡碱。脱水之后的木乃伊需要进行清洗、包裹、入棺。木乃伊的包裹也有固定的程序，手指和脚趾是开始之处，然后是四肢与身体。
有的时候，会雕刻死者的面罩放在木乃伊面部，以表明其身份。在包裹木乃伊时，胸部会放置姚螂的雕像，以保护死者；还会有书写如何顺利进入来世的纸草夹在布层中间。一般情况下，
制作好的木乃伊呈平躺状态，男性双手一般会交叉放于胸前，女性双手则自然下垂平放于身体两侧。当这一切完成后，制作师将树脂或含树脂的物质倒在木乃伊或者棺材上，木乃伊的制作便结束了。