protocols.io工具可应用在各种研究领域主题，包括生物学、化学、运算工作流程和临床试验、记录操作程序和安全检查列表。研究人员可利用此工具获得一个数字对象标识符(缩写:DOI)，并串接研究方法与论文资料。protocols.io还会将链接存放至已发表的论文。
很多出版社和基金会都推荐protocol.io数字工具，它主要用于协作创建、共享研究发展方式并提升研究质量，以取得最佳成果。它的一些主要功能可让使研究人员在一个可存取的平台进行研究方法的存储、组织、共享、发表和保存，包括数据和文件。当图书机构将protocol.io平台纳入研究数据管理（RDM）计划时，除了能确实保留有价值的数据，还可促进可重复使用性和完善性。请继续阅读关于protocols.io工具的主要组成。
Editor编辑功能protocols.io工具的编辑功能是记录研究过程的动态空间。它支持多人同时对共享研究进行编辑。除各类文本编辑外，此平台还提供有指导的步骤和组件功能。
章节、主要步骤和子步骤可以被添加，让每个流程都保持容易上手的一致架构。组件可以快速为研究中的许多变量增加结构。protocols.io工具提供的强大编辑功能让研究方法的记录和复制变得轻松简单。
编辑功能画面:
编辑模式下的数量组件:
储存、管理和共享功能文件档案管理工具可用于管理研究相关的各种协议和文档。文档可在工作区域被私密或共享储存和管理。可以通过建立工作区级别的设置，以防止文件被发表、共享、复制或移出工作区。研究人员也可创建各种版本的研究方法并在protocols.io平台进行比对。
上传和导出功能使用者可用拖拽方式上传和导出各种研究方法和文档，或用Dropbox、GoogleDrive、Box或OneDrive等热门云端服务进行无缝连接。您可以在单一协议级别，一键导出公共和私有协议PDF档案。如需对所有私有协议的PDF档案进行批量导出，可在protocols.io文件档案管理工具中操作。此导出功能选项还包括打印、JSON（通过API）和PDF格式。
分享与发表功能所有导入的协议一开始都是私有的，直到数据在公开和发表后，可以被安全共享。研究人员可邀请研究协作工作者加入工作区，或获得可共享的协议链接来让研究人员选择性地与更多人分享研究内容。预先发表协议，并允许数据不会呈现在公开机构库或检索结果中。这非常适合应用在手写草稿中，在论文还未发表前只有编辑者和审阅者可存取内容。所有由作者贡献的已发表内容都属于CC-BY授权内容。即使目前没有发表计划，使用protocols.io平台也能进行安全管理和协作。
保存功能为了知识的长期保存，所有已发表的研究协议将被CLOCKSS存档(